В 1994 году Чонтаульская СОШ была реорганизована на две школы. В Чонтаульскую СОШ №1 и №2. Чонтаульская СОШ №2 была размещена в здании старого корпуса, постройки 1943 года. 

В 2007 году введен в эксплуатацию новый 2х этажный корпус, рассчитанный на 192 учебных места.